Precalienta el horno a 400 F (200 C).
Prepara una bandeja para muffins de 12 tazas con papel para hornear.
En un tazón, combina las dos harinas, la canela, el polvo de hornear, el bicarbonato de sodio, la sal, la nuez moscada y la pimienta de Jamaica.
Revuelve las pasas secas.
En un tazón grande, mezcla el yogur y la primera cantidad de azúcar (1/2 taza/100 g), el aceite y los huevos.
Revuelve los ingredientes secos en la mezcla de yogur y revuelve hasta que estén combinados.
Divide la masa entre las tazas para muffins preparadas.
En un tazón pequeño, mezcla los pistachos con la segunda cantidad de azúcar (2 cucharadas/25 g) y la cáscara de naranja.
Esparce los muffins con esta cobertura, presionando suavemente para que se adhiera a la masa.
Hornea en un horno precalentado durante 18 a 20 minutos o hasta que un palillo insertado en el centro salga limpio.
Deja que los muffins se enfríen durante 5 minutos antes de transferirlos a una rejilla.
Mientras se enfrían los muffins, combina el jugo de naranja y el azúcar en una pequeña cacerola.
Lleva a ebullición, revolviendo hasta que tenga la consistencia de un jarabe y un aspecto glaseado (alrededor de 1 minuto).
Glasea los muffins con esta mezcla, usando un pincel o sumergiéndolos en ella.